人們對生態環境保護意識的逐漸增強，以及對食品安全越來越高的重視度，都導致了傳統化肥在農業應用中不在受追捧，取而代之的則是微生物有機肥料。那么微生物有機肥料為何能逐步取代傳統化肥在農業種植中的龍頭位置呢？要從下面幾方面講起。

 首先，長期使用傳統化肥的危害日漸顯現。長期使用化肥會使土壤中難分解的有機廢棄物、重金屬及其他有毒廢棄物過多，超出了土壤的自我凈化能力。久而久之，土壤板結，肥力降低，良田變貧瘠，極大影響農作物收成。
   
而微生物有機肥料是一種生態型的生物肥料，與傳統化肥相比更注重土壤及肥力的可持續性。眾所周知，土壤中的有機物都要靠微生物分解后才能被農作物所吸收利用。微生物有機肥料，顧名思義就是由各種各樣的有益微生物組成的肥料。有益微生物通過自身的生命活動，活化土壤，加速有機物質分解，為農作物提供豐富營養。
   
其次，長期使用化肥使土壤毒化。有毒物質在農作物中富集，產生了嚴重的食品安全隱患。微生物有機肥料屬于生態型生物肥料，不僅無毒、無害，而且還有增強農作物抗逆性，減少農藥使用量的顯著作用。
   
第三，微生物有機肥料與傳統化肥相比促進生長、提升產量作用明顯。微生物有機肥料能夠改善作物根際土壤微生態系統，有益菌群的分泌物對農作物的根部營養作用顯著，能有效促進作物生長。同時菌肥的增收效果明顯，經濟作物可增產30%以上，大田作物增產10%左右，同時還有提升抗逆性、培肥地力、促早熟等作用。
   
最后，微生物有機肥料不僅可以提高化肥利用率，還能加快有機肥肥效釋放。隨著化肥的大量使用，化肥利用率不斷降低已是眾所周知，急需攻克的一個難題。多方證明，采用微生物有機肥料與化肥配合施用則可有效解決此問題，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低了生產成本。有機肥則常常存在發酵不完全、二次發酵，造成燒苗問題。如果將微生物有機肥料與有機肥混合漚制（嚴格控制高溫），能起到顯著增肥增效作用，有效避免二次發酵、燒根、燒苗等現象。